Als 1868 die Rheinische Jutespinnerei in Beuel ihren Betrieb aufnahm, dehnte sich Beuel immer weiter nach Osten aus. Viele Ausländer, besonders Italiener, siedelten sich an. Die Gläubigen wurden von St. Peter Vilich betreut, später dann, ab 1924, von St. Josef Beuel.

Am 19.03.1957 wurde der erste Spatenstich für die neue Kirche getan, die von dem bekannten Kölner Architekten Dominikus Böhm (1880-1955) entworfen worden war. Die Ausführung übernahm sein Sohn Gottfried. Das Bauensemble fügt sich ideal in die vorstädtische ehemalige Industrielandschaft ein. Die Kirche übernahm das Patrozinium des heiligen Paulus von der ehemaligen Pfarrkirche von Vilich (zerstört 1765). Die erste Heilige Messe fand am 7. September 1958 statt.

Die heutige Orgel in St. Paulus ist die Zweite. Die Verschueren-Orgel (2 Manuale, Pedal, 18 Register) ersetzte 1998 auf Initiative des Organisten von St. Josef, Hans-Peter Reiners, die Seifert-Orgel von 1960. Die bekannte Orgelbaufirma aus den Niederlanden hatte diese Orgel ursprünglich 1966 für die Pfarrkirche St. Petrus Canisius in Düsseldorf gebaut. Nach Auflösung der Pfarrei kam die Orgel nach Beuel-Ost.

Seit 2001 ist die Gemeinde St. Paulus mit St. Josef in Beuel fusioniert zur Gemeinde St. Josef und Paulus. Regelmäßig finden Gottesdienste und Andachten der Gemeinde in St. Paulus statt, außerdem Veranstaltungen des Forum Pauluskirche und Gottesdienste der anglikanischen Gemeinde.