Der Stadtteil Beuel, der dem heutigen Bonner Stadtbezirk seinen Namen gab, besitzt erst seit knapp 140 Jahren ein Gotteshaus. Bis dahin gehörte Beuel, das bereits 1139 urkundlich genannt wird, pfarrlich zu Vilich, zur Pfarrkirche St. Paul und, nachdem diese 1765 eingestürzt war, zur Stifts- und Pfarrkirche St. Peter. Der weite Kirchweg stärkte den Wunsch nach einem eigenen Gotteshaus im wachsenden Beuel.

1875 erwarb ein Mitglied des St. Josefs-Bauverein das heutige, hochwassersichere Kirchengrundstück. Der Baubeginn verzögerte sich dann sowohl wegen der gespannten Situation zwischen Kirche und Staat während des Kulturkampfes, als auch wegen der Baukonzeption. Schließlich wurden die Pläne des damals in Rom studierenden Kaplans Joseph Prill, eines gebürtigen Beuelers, genehmigt, und am 15.08.1880 konnte der Grundstein zum ersten Bauabschnitt gelegt werden. Bereits zwei Jahre später fand der erste Gottesdienst in der neuen Kirche statt. Mit dem zweiten Abschnitt wurde der dreischiffige Kirchenbau vollendet. 1904 schließlich erfolgte die feierliche Konsekration der Pfarrkirche St. Josef.

1981 erhielt die Kirche die neue große Orgel (3 Manuale, Pedal, 61 Register). Sie wurde erbaut durch die Werkstatt der Firma Oberlinger, Windesheim, Disposition und Sachberatung Hans-Peter Reiners. Heute kann sie vom zentralen Spieltisch im Kirchenschiff zusammen mit der Chororgel angespielt werden. Regelmäßig konzertieren Spitzenorganisten in St. Josef.