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Die Doppelkirche St. Maria und St. Clemens zu Schwarzrheindorf, weithin sichtbar gegenüber von Bonn an der Siegmündung gelegen, ist eine der berühmtesten Kirchen im Rheinland.

1151 vom Kölner Erzbischof Arnold von Wied (um 1098-1156) als Burg- und Begräbniskirche zu Ehren des heiligen Clemens und der Gottesmutter errichtet, war sie zusammen mit dem Benediktinerinnenkloster und späteren Damenstift und neben der Pfarre St. Peter in Vilich jahrhundertelang Mittelpunkt des gottesdienstlichen Lebens der Menschen in Schwarz- und Vilich-Rheindorf. Die dazugehörenden Güter an Rhein und Sieg gaben den Bauern Arbeit und Auskommen. Doppelkirche heißt sie, weil sie anstelle einer Empore ein komplettes oberes Stockwerk enthält, von dem man den Gottesdienst durch einen Ausschnitt im Boden verfolgen konnte.

Nach der Aufhebung des Stifts 1803 kam der Gottesdienst zum Erliegen und die Kirche war vom Verfall bedroht. Dank der Bemühungen des Fürsten Karl von Wied-Runkel, eines Nachfahren des Gründers Arnold von Wied, konnte die Kirche, die seit 1815 preußischer Besitz war, renoviert, 1832 wieder geweiht und der Gottesdienst wieder aufgenommen werden. 1869 wurde dann die Pfarre Schwarzrheindorf gegründet und erhielt den Hl. Clemens zum Pfarrpatron. 1998 wurde auch das frühere Doppelpatrozinium St. Maria und St. Clemens wiederhergestellt.

Bei der Restaurierung 1994 – 1998 wurde die ursprüngliche Grablege von Arnold von Wied gefunden und seine Gebeine neu bestattet.

Kunsthistorische Bedeutung besitzt die Doppelkirche

• vor allem durch die berühmten Wandmalereien nach der Gottesvision des Propheten Ezechiel in der Überlieferung des Ruppert von Deutz (1075/80-1129/30)
• mit einer Christusfigur aus dem 16./17. Jahrhundert und eine Madonna aus dem frühen 17. Jahrhundert (Teil einer Doppelmadonna, deren andere Hälfte im Kölner Schnütgenmuseum hängt)
• durch die Stumm-Orgel aus dem Jahr 1728 (2 Manuale, Pedal, 27 Register), erworben 1936
• die Osterrieder-Krippe
• durch den Taufstein, dessen Bronzedeckel eine figürliche Darstellung nach Ezechiel (Ez 37,9) darstellt, und den Kreuzweg in der Oberkirche sowie den Marienbrunnen auf dem Kirchenvorplatz, alle drei Werke von Jochen Peschau (1929-1989)

Die Michaelsglocke der Kirche begründete die Städtepartnerschaft zwischen Beuel und Mirecourt (Département Vosges) in Lothringen. Französische Revolutionstruppen hatten die Glocke in die Geigenbauerstadt in den Vogesen entführt, 1965 wurde sie zurückgegeben. Die Kirche Nativité de Notre Dame erhielt eine neue Glocke, gestiftet vom Land NRW.